연말정산 일정 및 업무 절차 총정리 (회계 실무자 필독)

2026년 새해가 밝았습니다!
 
매년 12월부터 회계 담당자들을 긴장하게 만드는 과제 중 하나인 '연말정산' !!
변화된 세법과 간소화 서비스를 파악하면 연말정산 업무도 충분히 해내실 수 있을거에요
오늘은 비영리 시설에서 근무하는 저의 경험을 토대로 2026년 연말정산 주요 일정과 단계별 업무 절차를 정리해볼게요
 
💡2025년 귀속 연말정산은 '25년 근로소득이 있는 근로자'에 한하여 진행합니다.
    이미 퇴사한 직원이라면 퇴사 시 연말정산을 완료했어야 합니다.(지급명세서 제출)
 

 
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1. 2025년 귀속 연말정산 핵심 일정 요약

연말정산 업무는 실질적으로 12월부터 시작된다고 볼 수 있는데요,
12월에 근로자 명단 등록을 마치신 분들은 총급여액 등 실질자료를 등록하는 과정부터 환급금 지급까지의 업무를 수행하시게 될거에요

시기	주요 업무 내용	주체
12월	근로자 명단 등록 및 자료제공 동의	회사 & 근로자
1월 초	연말정산 공지 및 기초자료 정비	회사 (실무자)
1월 15일 ~	간소화 서비스 오픈 및 서류 수집	근로자
1월 말 ~ 2월 초	공제 서류 검토 및 급여 프로그램 입력	회사 (실무자)
2월 말	원천징수영수증 발급 및 결과 확인	회사 & 근로자
~3월 10일	지급명세서 제출 및 원천세 신고	회사 (실무자)

 
 
 

2. 단계별 상세 업무 절차

저는 국세청 간소화 서비스를 통해 연말정산 업무를 수행하고 있고, 이를 기준으로 업무 절차를 정리해보겠습니다.
 

Step 1. 근로자 명단 등록 및 자료제공 동의

가장 먼저 해야 할 일은 회사에서 근로자 명단을 등록하고, 근로자들은 자료제공에 동의하는 것!!
국세청 간소화 서비스 시스템을 활용해 연말정산을 진행하려면 근로자들이 자료제공에 동의해주어야 하기 때문인데요,
한 번만 등록하면 해가 바뀌어도 다시 등록할 필요가 없으니 이미 간소화 서비스를 이용하고 있는 사업장이라면
아래 두 가지 업무를 확인해주시면 되겠습니다
 
① 그 해에 신규 입사하신 분들을 추가 등록하고 자료제공 동의 요청
② 그 해에 퇴사한 분들을 명단에서 삭제

 

 

Step 2. 사전 준비 및 안내 (12월~1월 초)

 
근로자 명단 등록을 마쳤다면, 변화된 세법과 간소화 서비스 주요 내용들을 파악하여 근로자들에게 연말정산과 관련된 공지를 해주고 기초자료를 정비해야 합니다.
 
저는 보통 근로자 명단 등록을 할 때 연말정산 안내문도 함께 준비해서 배포하고 있어요. 자료제공 동의가 필요한 근로자가 있을 수 있기 때문인데요, 이번 25년 귀속 연말정산도 당해연도 신규 입사자가 있어 연말정산 안내문 배포를 이미 마쳤습니다!
 
안내문을 준비할 때 홈택스 간소화서비스 오픈 일정을 확인하고,
근로자들의 연간 총 급여액, 국민연금 등 사회보험 납부금액, 소득세 등을 정리해서 입력할 시기를 고려하여 간소화서비스 이용 시기를 안내하고 있습니다.
 
이때 급여액은 '과세소득'에 한하여 산출해야 합니다. 연말정산은 한 해 동안 근로자가 근로소득에 대해 납부한 세금을 최종 정산하는 개념으로 세금의무가 없는 비과세 소득은 연말정산에 해당되지 않기 때문입니다.
 
 
💡25년 귀속 연말정산 대상에 해당하는 근로자의 연간 총 급여액, 사회보험 납부액, 소득세 납부액 산출 및 입력
💡 해당연도 신규 입사자는 전 직장의 '근로소득 원천징수영수증'을 제출하도록 안내

 

 
 

Step 3. 서류 접수 및 간소화 서비스 활용 (1월 중순)

 
국세청 홈택스에 [연말정산 간소화 서비스]가 오픈되면 근로자들은 PDF 자료를 조회해서 제출할 수 있게 되는데요
저는 자료 제출도 홈택스를 통해 온라인으로 진행하도록 안내하고 있습니다
 
올해는 1월 15일부터 간소화 서비스가 오픈될 예정이며, 최종 확정 자료는 1월 20일부터 조회 가능할 예정이라
근로자분들께 자료제출에 대해 안내할 때에는 20일 이후 조회, 제출하도록 해주셔야 합니다
(국세청에서 영수증을 발급하는 기관들이 혹시 누락된 자료가 있으면 추가 등록하도록 5일 정도 시간을 주기 때문이에요)
 
20일 이후에도 국세청에서 조회되지 않는 자료가 있다면 직접 발급 받아서 제출해야 한다는 점도 꼭! 안내해주세요
(안경/콘택트렌즈 구입비, 교복 구입비, 기부금 영수증 등 주로 누락되는 항목들이 있어요)
 
 
💡25년 귀속 연말정산 부터 발달재활 서비스 이용 증명서와 수영장/체력단련장 이용료(7/1~ 사용분) 자료가 최초 제공됩니다
 
 
 
 
 

Step 4. 공제 요건 검토 및 입력 (2월 초)

근로자들이 제출한 자료를 바탕으로 실제 연간 소득세 최종 계산을 진행합니다.
여기서 회계 담당자들이 가장 주의해야 할 점은 '부당 공제' 를 예방하는 것입니다.
 
국세청에서 부당공제로 적발되면 가산세(과소신고가산세 10% + 납부지연가산세)를 내야 하니 경우가 있어 주의가 필요합니다
 
 
💡주요 체크리스트
□ 부양가족의 연간 소득금액이 100만 원(근로소득만 있는 경우 총급여 500만 원)을 초과하는지
□ 형제, 자매, 배우자가 동일 인물에 대해 공제를 받지 않았는지 (중복공제 여부)
□ 공제대상이 직계존속 만 60세 이상, 직계비속 만 20세 이하 (장애인 제외) 의 나이요건을 충족하는지
□ 주택자금 및 월세액 세액공제에 있어 세대원 전체가 무주택이며 주택 규모 요건을 충족하는지
□ 대학원 교육비는 근로자 본인 것에 한하여 신청했는지 (가족 교육비 제외)
□ 부녀자 공제 여부를 충족하는지
 
1차적으로 근로자 본인이 공제 여부를 확인해야겠지만, 회계 담당자도 한 번더 공제 요건의 적합성을 확인하고
필요 시 증빙 자료들을 수취해야 할 필요가 있습니다
 
 
 

Step 5. 결과 확정 및 지급명세서 제출 (~3/10)

자료 검토 및 입력이 모두 마무리되면, 근로자들에게 원천징수영수증을 교부하여 최종 확인을 하고
추가 보완 사항이 없다면 기한 내 지급명세서를 제출정산이 완료되면 근로자에게 원천징수영수증을 교부하여 최종 확인을 거칩니다. 이후 3월 10일까지 국세청에 '지급명세서'를 제출합니다.
 
연말정산 결과는 원천세 신고할 때 반영해주시고, 환급금이 있다면 신청해주셔야 합니다.
 
 
 

3. 단계별 주요 체크리스트

연말정산은 12월부터 차년도 3~4월까지 긴 호흡으로 가져가야 하는 만큼 체계적인 관리와 확인이 중요합니다
아래 체크리스트를 참고해서 마지막까지 놓치는 부분 없이 잘 챙겨보도록 해요!
 

사전 준비	대상자 확인	2025년 근로소득 지급 대상자 명단 확정	☐
		재직자 / 중도입사자 / 중도퇴사자 구분	☐
		전 직장 원천징수영수증 제출 대상자 확인	☐
	일정 관리	연말정산 일정 수립	☐
		근로자 대상 연말정산 공지 발송	☐
		홈택스 간소화 서비스 이용 안내	☐
		허위·중복 공제 책임 안내 포함	☐
자료 수령	증빙 관리	연말정산 간소화 자료 수령	☐
		부양가족 정보제공 동의 확인	☐
		의료비·기부금 등 추가 증빙 수령	☐
		장애인·경로우대 증빙 확인	☐
		전 직장 원천징수영수증 수령	☐
		미제출자 재요청 및 관리	☐
공제 검토	부양가족	연령 요건 충족 여부	☐
		소득 요건 충족 여부	☐
		맞벌이 부부 중복 공제 여부	☐
	의료비	공제 대상 의료비 여부 확인	☐
		실손보험 수령분 제외 여부	☐
	교육비·기부금	공제 대상 기관 및 한도 확인	☐
계산·반영	세액 계산	총급여 및 근로소득금액 확인	☐
		소득·세액공제 정상 반영 여부	☐
		환급·추징 세액 산출 확인	☐
	급여 반영	급여 프로그램 오류 여부 점검	☐
		2월 급여 반영 여부 확인	☐
지급명세	신고	근로소득 지급명세서 작성	☐
		원천징수영수증 발급	☐
		홈택스 전자 제출 완료	☐
		제출 기한 준수(3월 10일)	☐
		제출 내역 캡처·보관	☐
사후 관리	오류 대응	공제 오류·누락 사후 점검	☐
		근로자 문의 대응 기록 관리	☐
		수정 지급명세서 제출 여부 검토	☐
	자료 보관	연말정산 자료 5년 이상 보관	☐
내부 점검	감사 대응	판단 기준·검토 메모 문서화	☐
		연말정산 전 과정 기록 유지	☐
		감사·세무조사 대응 가능 여부 점검	☐

 
 
 
 

4. 참고 사이트

더 구체적인 개별 사례나 세법 등 공식 자료가 필요하신 분들은 국세청 홈페이지, 유튜브 등을 활용해보세요
홈택스 (국세정보 > 국세법령정보시스템 or 연말정산 간소화) https://www.hometax.go.kr

국세청 홈택스

 
국세청 (국세신고안내 > 개인신고안내 > 연말정산안내) https://www.nts.go.kr

국세청

 
국세청 유튜브 국세청 - YouTube

국세청

 

 

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